๑. เลข ๓๖ ผู้ออกแบบได้วางรูปทรงของสัญลักษณ์เลข ๓๖ ในกรอบสี่เหลี่ยมจัตุรัส ๓ กรอบ สลับเหลื่อมกัน อันหมายถึงญาณทัสนะ ๓ ในอริยสัจ ๔ คือ สัจจญาณ กิจญาณ และกตญาณ

๒. เลข ๓๖ ประกอบด้วยโทนสีหลัก ๓ สี คือ ชมพู ส้มแสด เหลือง มีความหมายดังต่อไปนี้
- สีชมพู หมายถึง มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ที่ถือเอาสีชมพูประจำพระชนมวารของล้นเกล้ารัชการที่ ๕ เป็นสีประจำสถาบัน
- สีส้มแสด หมายถึง สีของดอกอโศก (Asoka) ดอกไม้ประจำมหาวิทยาลัย มีถิ่นกำเนิดดั้งเดิมอยู่ในประเทศอินเดียออกดอกเป็นสีส้มแสดจนถึงสีแดง ในเดือนมาฆะ (เดือนกุมภาพันธ์) มีนามพ้องกับพระเจ้าอโศกมหาราช ผู้ส่งสมณะทูตมายังดินแดนสุวรรณภูมิ (พม่า ไทย ลาว อินโดนีเซีย)
- สีเหลือง หมายถึง สีของดอกคูณหรือดอกราชพฤกษ์ ดอกไม้ประจำจังหวัดขอนแก่น อันเป็นที่ตั้งของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตขอนแก่น โดยการก่อตั้งของสมเด็จพระพุฒาจารย์ (อาจ อาสมหาเถร) และพระราชสารเวที (เหล่ว สุมโน) เมื่อวันที่ ๓ ตุลาคม ๒๕๒๘

๓. พระจุลมงกุฏและธรรมจักร หมายถึง สัญลักษณ์ประจำมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย สีขาวแทนพระราชปณิธานของสมเด็จพระปิยมหาราชองค์สถาปนา ผู้ทรงเป็นเอกอัครศาสนูปถัมภก ทรงมีพระราชปรารภให้มหาจุฬาลงกรณเป็นที่ศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาชั้นสูง สำหรับบรรพชิตและคฤหัสถ์

๔. ตัวอักษร มจร ขอนแก่น ๓๖ ปี แห่งการพัฒนาจิตใจ ปัญญา และสังคม หมายถึงมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้สืบสานพระราชปณิธานของสมเด็จพระปิยมหาราช เป็นระยะเวลา ๓๖ ปี ตั้งแต่การก่อตั้งจวบจนปัจจุบัน สีน้ำเงินแทนสัญลักษณ์สถาบันพระมหากษัตริย์ผู้ทรงสถาปนาและทรงให้การอุปถัมภ์มหาวิทยาลัย